Cerrahi artık ikinci planda Çikolata kistlerinin tedavisi, dünyada ve ülkemizde 10 yıl öncesine kadar cerrahi ile gerçekleştirilmekteydi. Ancak ameliyatın yumurta rezervine olumsuz etkileri göz önüne alındığında, günümüzde artık gebelik planı olan kadınlar için cerrahi birinci seçenek olarak kabul edilmemektedir. Şiddetli ağrı ya da kanser şüphesi gibi bazı durumların dışında hastalar için ameliyat önerilmemektedir. Ameliyatın gerekli olduğu durumlarda, cerrahi öncesi yumurta toplanıp, dondurularak saklanmaktadır. Yumurta toplama işlemi, cerrahi sonrası, olası yumurtalık hasarı riskine karşı hastanın yumurta rezervini korumak için uygun bir seçenektir. Özellikle iki yumurtalığında da çikolata kisti bulunan kadınların çocuk sahibi olma isteklerini ertelememeleri önerilir. 35 yaş üstü kadınlarda zaman önemli Çikolata kisti tanısı alan kişinin, 6 ay içinde gebelik gerçekleşmezse bir tüp bebek uzmanına başvurması gerekir. Hastanın yumurtalıklarının rezervi, tüplerinin açık olup olmadığı ve hastanın eşinin de sperm durumu değerlendirilir. Testlerin sonucuna göre hastaya uygulanacak tedavi ve takip şekli belirlenir. Çikolata kisti olan 35 yaş üstü infertil kadınlarda ise zaman, kritik bir öneme sahiptir. Bu hastalarda yumurtalık rezervi azalma riski daha da arttığı için zaman kaybetmeden tüp bebek tedavisine başlamak önemlidir. Bu hastalık nedeniyle çocuk sahibi olamayan kadınlarda tüp bebek başarı şansı, hastanın yaşı, eşinin sperm durumu ve yumurtalık rezervine bağlı olarak değişmektedir.