Hakkari Üniversitesi’nin misyonu, varolan şartlar içerisinde kaynağa dönüştürülebilecek tüm doğal ve kültürel zenginlikleri ile insana saygı anlayışı, farklılıkların koşulsuz kabulüyle fikri hürriyetlerin ifade bulduğu, bilimselliğin ve özgünlük çerçevesinde yapılan araştırmaların niceliksel olarak değer bulmaktan öteye geçtiği, sadece eğitim alanların değil, eğitim verenlerin de hür düşünceye sahip olduğu, ayrıca bu özgürlük anlayışının çözüm süreçlerine olumlu katkısının değer bulduğu bir ortamda, bilimi ezberciliğe hapsolmaktan kurtarıp, özgür araştırmalar ve yaratıcı faaliyetlerle bilim zihniyetini kazanmak ve kazandırmaktır.