Bilimsel özgürlük, eleştirel düşünce, sorgulamacı anlayış, karşılaştırmalı bakış açısı, eğitim ve öğretim ilişkilerinde sevgi ve anlayışın esas alınması, medeniyet değerlerimizin farkında oluş, bireysel ve sosyal sorumluluk bilinci Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesinin hedeflerine ulaşmak için belirlediği temel değerlerdir.