Yirmi bir yeni üniversite ile birlikte 3 Temmuz 1992 tarih ve 3837 sayılı Kanunla kurulan Afyon Kocatepe Üniversitesi'nde eğitim-öğretim faaliyetlerine 10 Kasım 1992 tarihinde başlanmıştır. Ancak üniversitenin tarihi, o dönemde Eskişehir İktisadi ve Ticari İlimler Akademisi'ne bağlı olarak kurulan Afyonkarahisar Maliye Muhasebe Yüksekokulunun açıldığı 1974 yılına dayanmaktadır. Afyonkarahisar Maliye Muhasebe Yüksekokulu, 1987 yılında Anadolu Üniversitesi'ne bağlı Afyonkarahisar İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi haline dönüştürülmüştür. Bu fakülte, kuruluşu sırasında Afyon Kocatepe Üniversitesi'ne bağlanmıştır.