İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'nın 2001-2007 döneminde Petrol Ofisi'nin organize bir suç faaliyetine konu olduğunu öne sürdüğü iddianamesi tartışma yarattı. İddianame bir çok açıdan hatalar ve çelişkilerle dolu. İddianamede petrol ofisinin 2001-2007 yılları arasındaki ithalatında gümrük vergisi kaçakçılığı yapıldığı öne sürülüyor. Ancak Türkiye'deki yasalara göre petrol ürünleri ithalatı gümrük vergisine tabi değil. Bu da iddiaların, gerçeklerle bağdaşmadığını ortaya koyuyor.